Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Trung tâm: Giám đốc và 06 Phó Giám đốc (Lộ trình đến năm 2030 thực hiện đảm bảo số lượng cấp phó theo quy định).
Giám đốc Trung tâm chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Nông nghiệp và Môi trường và trước pháp luật về thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao và toàn bộ hoạt động của Trung tâm.
2. Phó Giám đốc Trung tâm là người giúp Giám đốc Trung tâm thực hiện một số nhiệm vụ cụ thể do Giám đốc Trung tâm phân công và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Trung tâm và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc Trung tâm vắng mặt, một Phó Giám đốc Trung tâm được Giám đốc ủy nhiệm điều hành các hoạt động của Trung tâm.
3. Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, luân chuyển thực hiện theo quy định của pháp luật.
4. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ
a) Phòng Hành chính.
b) Phòng Kế hoạch tài chính.
c) Phòng Kỹ thuật địa chính.
d) Phòng Quan trắc môi trường.
đ) Phòng Kỹ thuật môi trường.
e) Phòng Chuyển đổi số.
g) Phòng Dữ liệu và Lưu trữ.
Phòng thuộc Trung tâm có Trưởng phòng, không quá 02 Phó Trưởng phòng và các viên chức và lao động hợp đồng thực hiện công tác chuyên môn, nghiệp vụ.